本プロジェクト研究は、維管束植物の分布から明らかになった日本国内の多様性ホットスポットを重点的な研究対象とし、当館が擁する多様な生物群の専門研究者の調査を通して、その生物相の包括的な解明を目指している。

さらに、どのような歴史を経てその地域に高い生物多様性がもたらされたのか、DNA情報、化石情報、その他の形質情報等に基づいた研究による解明をも目指している。また、地球規模でのホットスポットの１地域である日本の、生物多様性の高さの指標として、日本固有種目録の編纂を様々な生物群で順次進めている。