ホヤの仲間には,入水孔と出水孔という2つの穴がある.入水孔の近くには,かご状の鰓(鰓のう)があり,出水孔近くに肛門が開いている.ホヤ類は鰓のうにある繊毛で体内に水の流れをつくり,入水孔から水をとりこみ,呼吸のための酸素をとりこむと同時に粘液の膜でプランクトンなどをからめとり,粘液ごとまとめて食道に送りこむ.消化されなかったものはふんとして肛門から出水孔をへて体外に捨てられる.このふんは栄養豊富であるため,さらに他の動物やバクテリアのえさとなる.