自然史及び科学技術史研究の中核拠点として、研究施設と標本収蔵施設を置いています。
研究施設には、動物研究部、植物研究部、地学研究部、人類研究部、理工学研究部の５つの研究部と、標本資料センター、分子生物多様性研究資料センター、産業技術史資料情報センターの３つの研究センターがあります。標本収蔵施設は、自然史標本棟、理工資料棟１,２、植物研究部棟があり、調査・研究を通じて収集した４９０万点を超える貴重な標本・資料を収蔵しています。