植物研究部は190万点を超える標本を収蔵する。標本は分類群ごとに植物研究部棟および自然史標本棟に保管され、タイプ標本を含む研究上貴重な標本を多数所蔵している。維管束植物（種子植物とシダ植物）は約120万点、コケ植物は約22万点、大型藻類は約10万点、微細藻類は約4万点、菌類は約15万点、地衣類は約13万点、変形菌は約7.4万点である。標本集（エキシカータ）を定期的に発行するとともに標本交換を行い、所蔵標本の充実をはかっている。