微細藻類の引き起こす問題には以下のようなものがあります。

1. 赤潮

2. 淡水赤潮

3. 白潮

4. アオコ

5. 青水

6. 青潮

7. その他の着色現象

8. カビ臭

9. 付着藻類の異常増殖