- 藤田祐樹 (2021) 南の島のよくウナギ釣る旧石器人. 日本文藝家協会(編) 「ベストエッセイ2021」光村図書, 東京, 2021年8月27日刊行.
- 藤田祐樹. (2019) 「南の島のよくカニ食う旧石器人」 岩波科学ライブラリー, 岩波書店, 東京, 2019年8月23日刊行, pp.134.
- 藤田祐樹 (2019) 世界最古の釣り針が語る旧石器人の暮らし. 秋道友彌, 角南篤（編）「海と人との関係学 第１巻 日本人が魚を食べ続けるために」西日本出版社, 大阪府, 2019年2月23日刊行, pp.24-34.
- 篠田謙一，藤田祐樹（監修）、山本大樹訳、ルイーズ・ハンフリー、クリス・ストリンガー著 (2018)サピエンス物語, エクスナレッジ. 2018年8月1日刊行.
- 藤田祐樹 (2017) 「7 鳥の翼」(p.218〜220)「32 飛行型」(p.304〜306) バイオメカニズム学会編,「手の百科事典」朝倉書店, 東京, 2017年6月25日出版. Pp.608. (分担執筆)
- 藤田祐樹 (2015)「岩波科学ライブラリー ハトはなぜ首を振って歩くのか？」 岩波書店, 東京, 平成27年4月17日出版. Pp. 115.
- 藤田祐樹 編・著. (2015) 「イノシシとブタと私たち」 沖縄県立博物館・美術館 平成26年度博物館企画展「イノシシとブタと私たち」図録, 沖縄県立博物館・美術館, 2015年2月3日発行. Pp. 80.
- 藤田祐樹. (2014) 更新世の琉球列島における動物とヒトの関わり. 高宮広土（編）「琉球列島先史・原史時代の環境と文化の変遷」, 六一書房, 東京, 2014年3月26日刊行, pp. 29-40.
- 藤田祐樹 編・著. (2011) 「骨の科学」 沖縄県立博物館・美術館博物館企画展「骨の科学」図録, 沖縄県立博物館・美術館, 2011年2月4日発行. Pp. 87.
- 山崎真治, 藤田祐樹（編・著） (2009) ハナンダガマ遺跡発掘調査報告書. 沖縄県立博物館・美術館, 那覇市, 沖縄県.
- 藤田祐樹. (2008) 「鳥の飛行と歩行」 In: 秋篠宮文仁, 西野嘉章編, 鳥学大全(東京大学創立百三十周年記念特別展示『鳥のビオソフィア』) 2008年3月発行. 東京大学総合研究博物館.
- 藤田祐樹 (2004)「森の野鳥に学ぶ101のヒント」日本林業技術協会編, 東京書籍（分担執筆：「鳥類の視覚と運動」「鳥類の歩き方」「鳥類の体の構造」を担当, 2004年2月出版）
藤田 祐樹 Masaki Fujita
出版物（著書・訳書）