沿革
明治04年10月 文部省博物局の観覧施設として湯島聖堂内に展示場を設置
明治05年03月 文部省博物館の名で初めて博覧会を公開
明治08年04月 博物館を「東京博物館」と改称
明治10年01月 上野山内、西四軒寺跡（現東京芸大の位置）に新館が一部竣工、東京博物館を「教育博物館」と改称（この年をもって創立年としている）
04月 小石川植物園を東京大学に移管
明治14年07月 「東京教育博物館」と改称
明治22年07月 高等師範学校の附属となり、高等師範学校に隣接する湯島聖堂内に移転
大正03年06月 東京高等師範学校から独立し「東京教育博物館」となる
大正10年06月 「東京博物館」と改称
大正12年09月 関東大震災により、施設、標本のすべてを消失
昭和06年02月 「東京科学博物館」と改称
09月 上野新館（現日本館）竣工
11月 天皇・皇后両陛下の行幸啓を仰ぎ開館式を挙行（この11月2日を開館記念日としている）
昭和24年06月 文部省設置法により「国立科学博物館」設置、庶務部、学芸部を設置
昭和28年01月 学芸部を事業部と学芸部に改組
昭和37年04月 文部省設置法の一部改正により、自然史科学研究センターとしての機能が付与され、研究体制の強化がはかられる。学芸部を第一研究部及び第二研究部に改組、極地学課を新たに設置。また、白金にある国立自然教育園を統合し「附属自然教育園」を設置
昭和40年04月 極地学課を極地研究部に改組
昭和41年04月 第一研究部及び第二研究部を動物研究部、植物研究部、地学研究部、理工学研究部に改組
昭和45年04月 極地研究部を改組し極地研究センターを設置
昭和47年03月 新宿地区に分館庁舎が完成
04月 自然史科学研究部門が新宿分館に移転
05月 人類研究室を新設
昭和48年09月 国立学校設置法等の改正により極地研究センターは「国立極地研究所」として独立
昭和49年04月 人類研究室を人類研究部に改組
昭和50年04月 理工学研究部を理化学研究部と工学研究部に改組
昭和51年05月 筑波地区に「筑波実験植物園」設置
12月 筑波実験植物園研究管理棟が完成
昭和52年11月 天皇陛下の行幸を仰ぎ開館100年記念式典を挙行
昭和58年10月 筑波実験植物園開園
昭和60年05月 「見つけよう・考えよう・ためしてみよう－たんけん館」開館
昭和61年01月 教育ボランティア制度の発足
昭和63年04月 理化学研究部及び工学研究部を理工学研究部に改組
平成05年06月 筑波地区に「昭和記念筑波研究資料館」が完成
平成06年02月 理工学研究部が新宿分館に移転
平成07年10月 植物研究部が新宿分館より筑波地区に移転
平成11年04月 新館（I期）（現地球館）常設展示公開
平成13年04月 独立行政法人国立科学博物館となる（文部科学省所管）
平成14年06月 産業技術史資料情報センター設置
平成16年11月 新館（現地球館）グランドオープン
平成18年07月 標本資料センター及び分子生物多様性研究資料センター設置
12月 シアター36○オープン、建物名を「地球館」「日本館」に改称
平成19年04月 日本館オープン、英語名称改称、シンボルマーク・ロゴ・キャッチコピー制定
平成20年06月 日本館（旧東京科学博物館本館）重要文化財に指定
平成23年03月 筑波地区に自然史標本棟が完成
04月 筑波地区に総合研究棟が完成
平成24年04月 新宿分館及び産業技術史資料情報センターが筑波地区に移転
11月 筑波地区自然史標本棟1階「見学スペース」公開
平成27年07月 地球館（Ⅰ期）リニューアルオープン
平成30年10月 文化庁の所管となる
平成31年04月 科学系博物館イノベーションセンターを設置