標本資料センターは研究部を横断して、効率的な標本資料の収集、保管体制を確立し、一層効果的な活用を図るため、当館が保有する自然史標本・科学技術史資料の総括的な管理と標本・資料統合データベースの充実に努めるとともにナショナルコレクション構築の基本方針の策定、コレクションの収集・保管体制の整備を進めています。
また、館内に専門研究者のいない分野に関して、外部の研究者に標本資料の充実を依頼するコレクション・ビルディング・フェローシップを実施しています。
　寄贈標本に関しては、その自然史資料的価値を評価し、基準に合うものを積極的に受け入れています。さらに、当館を含む9館の自然史系博物館と連携して散逸の恐れのある自然史標本の適切な保管に向けた標本セーフティネットの構築を進めています。
　全国の科学系博物館等が所有する標本資料およびホームページについての情報を集約・発信し、それらの情報を共有するために、サイエンスミュージアムネット（S-Net）を構築しています。また、生物多様性に関する国際プロジェクトである地球規模生物多様性情報機構（GBIF）の日本の拠点（ノード）として、S-Netで集められた国内の自然史標本情報を、GBIFを通じて世界に発信しています。