国立科学博物館は，自然史及び科学技術史の中核的研究機関として，日本を軸として自然と科学技術に関する理解を推進する研究を行う機関である。また，我が国の主導的な博物館として，調査研究や標本・資料の収集を通じて蓄積された知的・物的資源を，展示・学習支援事業等により広く社会に還元する機関でもある。従って，そのコレクションは，日本を代表するナショナルコレクションとして，広い範囲から収集され続け，海外にも誇れる数と質を持つべきである。日本各地に存在する博物館や大学等とも連携しながら，ナショナルコレクションを構築，継承していくとともに，先人によって収集・研究された貴重な標本・資料・リビングコレクションの散逸を防ぐセーフティネットとしての機能の一翼を担う必要がある。

当館のコレクションは，地球や生命，科学技術に対する理解を深め，人類と自然，科学技術の望ましい関係について考える研究の基盤となる物的資料であると同時に，研究結果を保証する物的証拠である。また，展示・学習支援事業に活用し，人々の科学リテラシーの向上に資するための資料である。これまで蓄積してきた標本・資料に関する膨大な情報、すなわちビッグデータを包括的に解析することで，日本の自然史を読み解くデータサイエンスへの応用も可能となる。従って，これらの活動を支える標本・資料等をコレクションとして，直接の収集に加え，必要に応じて寄贈の受入れや購入等を通じて体系的に構築し，他の機関とともに，人類共通の財産として将来にわたって確実に継承していくことが求められる。さらに，構築されたコレクションは，その利活用を推進し，新しい価値を見出したり，新たな意義を発見し，得られた情報が社会に広く広報・共有されていくことが期待される。

• 我が国の自然史及び科学技術史の中核的研究機関としての当館が収集対象とする主要なコレクションは，自然史に関する標本・資料・リビングコレクションや科学・技術・産業の歴史に関する科学技術史資料であり，その種類は動物，植物，菌類，岩石・鉱物，化石，人骨標本及び科学技術史資料等，多岐にわたるものとする。
• コレクションの主な収集地域は，自然史標本・資料・リビングコレクションにおいては国内及び東アジアから東南アジア地域，海洋においては主に日本列島周辺海域及び西部北太平洋であり，科学技術史資料においては主に日本国内とするが必要に応じて国外資料も対象とする。
• コレクションの主な収集は，基盤研究や総合研究等の研究計画に従い，各担当分野の研究員及び支援研究員等が進める。
• 標本資料センターでは，当館の強みを伸ばし弱みを補強できるよう，各研究部と連携して，従来収集されたことのない地域・時代での資料収集や，当館において収集されていない分類群のコレクションの充実を図る。また，自然史系標本セーフティネットを通じた博物館，大学等研究機関，研究者，個人収集家等からの寄贈の受入れを行う。
• 科学技術史資料については，博物館，大学等研究機関，企業，個人等からの寄贈資料の受入れを行う。産業技術史資料情報センターでは，業界団体や学会，企業等と協働し産業技術史資料情報の収集を行う。活動を通じて得られた情報を理工学研究部と共有し，社会的に重要な資料の保全やコレクション受入れにつなげる。
• 学術的に貴重な有価標本・資料・リビングコレクションに関しては，該当分野研究員と標本資料センター等で学術的価値と価格を評価した上で購入する。理工系の資料については必要な分野については産業技術史資料情報センター等も評価に加わる。

• コレクションの保存方法は標本・資料によって異なるが，全ての標本・資料等は良好な状態で永続的に保存しなければならない。リビングコレクションについては，枯死をできるだけ防ぐように努めなければならない。
• コレクション管理担当者（注１）は標本・資料室・栽培圃場の適切な環境維持・管理に留意し，保存科学研究の成果を取り入れるなど様々な工夫を行うとともに，標本・資料・リビングコレクションを円滑に利用できる体制を整える。
• 質・量ともに充実したナショナルコレクションを適切に保存するため，それぞれの分野ごとの特性を考慮しつつ，必要な収蔵スペースの確保を図るものとする。その際，展示機能を併せ持つ収蔵施設の整備を図るなど，標本・資料・リビングコレクションの公開についても留意する。
• 「自然史系標本セーフティネット」を加盟組織と連携して運営し，日本に存在する価値あるコレクションの逸失を避ける。
• 「植物多様性保全拠点園ネットワーク」の中核として国内の植物園等と連携し，絶滅危惧種など日本の重要なコレクションを系統保存する。

※注１：コレクション管理担当者とは，当館規程「独立行政法人国立科学博物館研究員が分担して収集，整理及び保管を行う資料の範囲」において定める，標本・資料・リビングコレクションの収集，整理及び保管を行う者を指す。

• 館内外の研究，展示及び学習支援活動等に当館のコレクションを利用できるものとする。コレクションの利用にあたってはコレクション管理担当者の指示に従うものとする。
• 標本・資料・リビングコレクションの状態や保存数等によって，利用を制限する場合がある。
• コレクションの貸出，交換及び譲渡の方法は別途定める。
• コレクションの利用と活用のため，収集された標本の検討や既存の標本の再検討などによって，新知見の取得に務めるとともに，利用・活用を推進し，標本・資料のもつ価値の最大化を目指す。また，標本の形態や採集情報ばかりではなく，新しいタイプのデータを総合的に取得・利用することに取り組む。

• さまざまなデータをもとに，国内を代表する科学系デジタルアーカイブの構築を目指し，標本そのものだけでなく，情報レベルでの利用・活用を推進する。また，ジャパンサーチや，地球規模生物多様性情報機構（GBIF）など，外部のデジタルアーカイブ等を通じて科学コミュニティや社会に発信し，オープンサイエンスの推進に資する。
• 当館で所有する標本・資料・リビングコレクション等に関する情報のデジタル化を進め，標本・資料統合データベース等の公開ウェブページおよび公開データを充実させ，積極的に発信する。ただし，標本・資料・リビングコレクションの性質や管理上の事情等によって公表する情報に制限を設ける場合がある。
• 自然史標本情報の公開においては，当館の標本等の情報のみならず，全国の科学系博物館等との連携のもと，サイエンスミュージアムネット（S-Net）の運営等を通じて標本等の所在情報を横断的に検索できるシステムの充実に取り組む。
• 産業技術史資料については，企業，個人，科学系博物館等で所有している資料等の所在調査とデータベースの充実・公開に取り組み，各機関等との役割分担のもと，社会的に重要な資料の保存と活用を推進する。
• 標本の重要性や，標本の維持管理・利活用への注力について広報する仕組みを構築する。

• コレクションの中に甚だしい損傷を受けた標本・資料や死滅したリビングコレクションが発見された場合，採集情報等の標本・資料等に関わる重要な情報の付与が不可能な場合等には，当該の標本・資料等の学術的価値は著しく滅失しているものと認められる。このような場合には，コレクション管理担当者は所定の手続きを経て標本・資料等を廃棄することができる。