鳥類標本は研究用仮剥製標本が約5000点を数え、日本列島、東アジアを中心にミクロネシアのポナペ島やブラジルの標本からなります。

　第一次満蒙調査研究団（1933）が採取した標本120点や日本の鳥類研究の先駆者の一人である清棲幸保氏が1942年に中国山西省で採取した標本280点など歴史的価値の高いものが多くあります。近年は剥製標本だけでなく、DNA分析用の組織標本の収集にも努めており、現在900点近くになっています。