刺胞動物は、体制が単純で、刺胞をもつことにより特徴づけられ、ヒドロ虫類、箱虫類、鉢水母類、花虫類に分類されます。刺胞動物コレクションには、これまでの当館の日本列島調査などで収集した本邦浅海域の種類を中心に、タイプ標本4点を含む900点ほどの標本があります。近年は、浅海性の種類のみならず、1993年から開始された当館の深海動物相調査で採集された標本も収蔵し、日本近海の刺胞動物コレクションが次第に充実してきました。また、分類形質の少ない刺胞動物において刺胞の形態が識別形質として重要となる場合がありますが、刺胞は通常の固定、保存の過程で欠損してしまうため、現在、刺胞を半永久的に保存できるプレパラート標本を作成し、固定標本とともに保存することに努めています。